卫斯理约翰于一七〇三年六月生在英格兰北部林肯郡的厄普卫司(Epworth)镇,父亲为国教安立甘会牧师,于六年前挈眷来厄普卫司,担任当地牧职。小约翰生时家中已有兄妹五人;他的弟弟查理于四年后出世。查理毕生与约翰同工合作,亦循道派宗教复兴运动的发动者和重要领导人物之一。

卫斯理约翰的曾祖,祖,及父三代都在牛津大学受过高深教育,讲家世可说是世代书香了。父亲撒母耳非但是一个牧师,也是当时颇具声望的著作家。母亲苏萨娜出身名门,亦曾受良好教育。苏萨娜治家严谨,对子女的管教极为认真。根据以后她的自述,孩子们几乎一出母腹便得接受一套严格训练,饮食睡眠和更换衣服均有定时。稍长,则训练他们养成服从,礼让,和守秩序的习惯,绝对不容许他们有违背大人训导的行为,因她始终相信服从为儿童接受教育,尤其是宗教教育的最重要基础。卫斯理弟兄长大后喜爱遵守严格的生活规律,重视团体训练,未始非受幼年所养成习惯之影响。

当时的厄普卫司是一个荒僻小市镇,教会待遇微薄,卫父儿女成群,食指浩繁,生活常陷窘境;既然入不敷出,不得不藉举债弥补。当时英国法律对负债者极端严酷,小约翰两岁时父亲曾因债务关系系狱,可见卫家儿女从小就备尝穷困生活的滋味。可是毕竟是书香世家,卫父绝对不因家境贫寒而忽略了儿子们的教育,所以一七一四年当约翰十一岁时,他就把他送进有名的察特公学。这学校原设有免费学额多名,约翰在巴京汗公爵的保举下入学,得免缴纳学费。当时的察特公学远不若其他贵族公学奢侈,学生生活殊甚简陋,据以后卫斯理回忆他住校的五六年间每天除了食少量面包之外,很少得到其他食物,但他认为这对他以后的健康并无不良影响。

这时期卫斯理在学问上进步甚速,他的谈吐儒雅风趣,颇能引人入胜,同学每每包围着他,听他侃侃谈论。有一回正值游戏时间,学监在操场上等了好外,不见人来,各处寻觅,终于在一间课室里发现学童都围着卫斯理听讲故事。以后卫斯理在自述中回忆这段期间他在学问上虽有进步,但在宗教生活方面却反较在家时后退。由于已养成的习惯,他仍按时读经祷告,参加崇拜聚会,除此以外,他自觉在灵性上毫无长进。

关于卫斯理约翰的幼年有一件值得提起的大事:一七〇九年当卫斯理约翰六岁的时候,厄普卫司镇的牧师住宅于某夜失火,卫父及母在匆惶中抢救全家大小,独有小约翰被遗留屋中,当时火势甚猛,屋盖即将陷落,小约翰从熟睡中惊醒,奔向窗口。卫父见状惊惶欲绝,几次冒火往楼上冲,但都为火焰击退,情形似乎是绝望了,卫父乃招集家人,跪地祷告,把在火焰中的约翰交托给神。正在这时候有人踏在另一人的肩膀上,从窗口抱出小约翰,转眼之间,屋盖向里面陷下,整座房子和屋中所有的一切悉成灰烬,但牧师全家平安,无一丧亡。这件事的经过在约翰父母心中留下深刻印象,相信这孩子的生命是神所保留的,神将来必重用他。即卫斯理约翰本人以后亦常常喜欢提这件事,把自己当作是”从火中抽出来的一根柴”,是神所留下的器皿。他在一七五〇年二月九日的日记上记着:

我们在礼拜堂有一个愉快的守夜崇拜。十一点左右我忽然记起四十年前今天的这个时辰,我从火焰中给抢救出来。我就把神的这奇妙眷佑向会众作简短叙述。我们都赞美感谢上帝,在祂面前大有喜乐。